月休三天，每天上班时长超8小时

从法律角度，您可以通过以下方式维护自己的合法权益：一是收集加班证据，如考勤记录、工资条等；二是与公司协商，要求调整工作时间或支付加班费；三是向当地劳动监察部门投诉；四是必要时提起劳动仲裁或诉讼。确保您的劳动权益不受侵害。
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对于您提出的疑问，虽然公司支付了加班费，但根据《劳动法》第三十六条、第四十一条的规定，劳动者每天工作时间不得超过八小时，每周工作时间不得超过四十四小时，且加班需征得工会同意并与劳动者协商。即使支付了加班费，也不能违反这些基本工时规定。因此，如果您的月休只有三天且每天工作超过8小时，即便有加班费，这种安排也可能构成违法。
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若公司确需延长工作时间，应首先征得工会同意，并与您协商。根据《劳动法》的相关规定，加班时间应适当，且需支付加班费。具体操作包括：明确加班时间、确保加班补偿到位、保障劳动者的休息权益等。